Основным исключением из принципа наибольшего благоприятствования являются региональные торговые соглашения (RTAs) или соглашения о свободной торговле (FTAs), в рамках которых страны могут предлагать друг другу более выгодные условия торговли, чем те, которые предоставляются другим государствам.
Например, ВТО допускает заключение региональных торговых соглашений, таких как Североамериканское соглашение о свободной торговле (НАФТА), которые предусматривают преференциальный режим для стран-участниц.
Ещё одним исключением является особый и дифференцированный режим для развивающихся стран, который позволяет им пользоваться более благоприятными условиями торговли для поддержки своего экономического развития.
MFN распространяется на широкий спектр товаров и услуг, но из него есть некоторые исключения. Например, в определённых юрисдикциях на сельскохозяйственную продукцию, культурные ценности и услуги могут распространяться другие правила или меры защиты. Кроме того, страны могут договариваться о конкретных исключениях в рамках торговых соглашений.